Theo đó, trong quá trình xây dựng dự thảo Hướng dẫn tạm thời, Bộ GTVT nhận thấy có một số vướng mắc nhất định sau:
Đối với vận tải đường bộ, yêu cầu đối với lái xe, phụ xe phải tiêm đủ liều vắc xin là khó thực hiện, bởi vì thực tế lái xe, phụ xe, nhân viên phục vụ trên xe ở hầu hết các địa phương đều mới được tiêm 1 liều vắc xin, tỷ lệ tiêm đủ liều vắc xin (thẻ xanh trên Sổ sức khỏe điện tử/PC - COVID hoặc giấy chứng nhận tiêm đủ liều vắc xin của cơ quan có thẩm quyền) còn thấp.
Tâm lý hành khách còn e ngại, lo lắng nên chưa tự tin đi lại bằng phương tiện giao thông công cộng; mặt khác nhiều địa phương còn có quy định quá chặt chẽ việc xét nghiệm, cách ly đối với hành khách về địa phương.
Trong thời gian hoạt động thí điểm và trong quá trình khai thác tuyến, việc kiểm soát hành khách lên xuống xe dọc đường còn gặp nhiều khó khăn, các phương tiện vận tải còn tồn tại tình trạng đón, trả khách dọc đường, không đúng tại các điểm dừng nghỉ hoặc việc kiểm soát ra/vào đối với phương tiện vận tải hành khách từng địa phương có các quy định chưa thống nhất.
Theo Nghị quyết 128/NQ-CP quy định các tỉnh thành phố xác định cấp độ dịch trên địa bàn, tuy nhiên việc công bố cấp độ dịch tại các địa phương còn chưa kịp thời, đến nay mới chỉ có một số tỉnh, thành phố (Hải Phòng, Thừa Thiên Huế, Cao Bằng, Đồng Nai, Quảng Ninh, Quảng Trị, Vĩnh Phúc, Long An, Cần Thơ…) nên dẫn đến việc tổ chức hoạt động vận tải hành khách tại địa phương còn lúng túng, khó khăn trong việc áp dụng các biện pháp phòng, chống dịch tương ứng với hoạt động vận tải theo quy định. Mặt khác việc công bố cấp độ dịch chưa có tổng hợp chung trên toàn quốc mà mỗi tỉnh công bố tại một.
Do điều kiện hành khách khi đi xe phải đảm bảo các quy định tại Quyết định 1777/QĐ-BGTVT nên tại một số tỉnh, đặc biệt là các tỉnh nhỏ, số lượng người được tiêm vắc xin mũi hai còn thấp, dẫn đến lượng khách từ các tỉnh nhỏ đi các Thành phố lớn như Hồ Chí Minh, Hà Nội, Hải Phòng hoặc các tỉnh lớn không cao.
Có một số tỉnh thành phố thuộc vùng xanh nhưng vẫn duy trì chốt kiểm soát dịch bệnh Covid-19 và chưa cho hoạt hoạt động vận tải hành khách liên tỉnh vào hoạt động bình thường.
Do đó, kế hoạch khai thác đường bộ trong thời gian tới, địa phương và các doanh nghiệp vận tải thực hiện theo Quyết định số 1812/QĐ-BGTVT ngày 16/10/2021 hướng dẫn tạm thời về tổ chức hoạt động vận tải đảm bảo thích ứng an toàn với COVID-19
Đối với vận tải hàng không, tỷ lệ chuyến bay đã thực hiện còn thấp (49%) do nhiều chuyến bay số lượng khách đặt chỗ rất thấp, thậm chí không có khách. Hãng hàng không chỉ có thể triển khai mở bán trên hệ thống kèm các điều kiện vận chuyển hành khách sau khi có các văn bản chính thức của Bộ GTVT, Cục HKVN nên trong 2 ngày đầu (10-11/10/2021), nhiều hành khách chưa kịp tiếp cận thông tin có chuyến bay, không kịp lập kế hoạch để di chuyển;
Nhiều đường bay có nhu cầu thấp nên hãng hàng không chưa thể khai thác hoặc hạn chế khai thác như Thanh Hóa – Lâm Đồng, Tp. Hồ Chí Minh – Cà Mau, Đà Nẵng – Cần Thơ, Tp. Hồ Chí Minh – Rạch Giá, Đà Nẵng – Buôn Ma Thuột… trong khi các đường bay đi/đến các địa phương phía Bắc như Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh, Thanh Hóa, Nghệ An còn bị hạn chế, đặc biệt đường bay trục Hà Nội – Đà Nẵng – Tp. Hồ Chí Minh chỉ được khai thác với tần suất 01 chuyến/ngày, không đáp ứng nhu cầu hành khách giai đoạn hiện tại chủ yếu là khách được về địa phương sau giãn cách và chuyên gia, nhà đầu tư cần đi lại giữa 3 trung tâm để nối lại hoạt động kinh tế, đầu tư;
Quy định về phòng, chống dịch của một số địa phương chỉ được nới lỏng việc hạn chế sau 2 đến 3 ngày đầu tiên nên nhiều hành khách chưa thể đáp ứng yêu cầu khi đến địa phương;
Tỷ lệ tiêm đủ liều vắc-xin phòng COVID-19 tại nhiều địa phương (ngoài Hà Nội, Tp. Hồ Chí Minh) còn thấp nên hành khách không thể đáp ứng điều kiện về tiêm đủ liều. Bên cạnh đó, nhiều nhóm gia đình có trẻ em dưới 18 tuổi chưa được tiêm vắc-xin phòng COVID-19 (theo quy định của Bộ Y tế) nên không thể di chuyển dù có nhu cầu do người thân (con) không đáp ứng điều kiện;
Việc giãn cách ghế trên tàu bay không có nhiều tác dụng về phòng, chống dịch nhưng ảnh hưởng lớn tới doanh thu chuyến bay nên hãng hàng không phải cân việc thực hiện chuyến bay.
Danh sách đường bay còn hạn chế gây khó khăn cho hãng hàng không trong tổ chức khai thác mạng đường bay, phù hợp với kế hoạch quay đầu tàu bay trong ngày cũng như việc đỗ tàu bay tại các cảng hàng không có cơ sở khai thác, bảo dưỡng của hãng.
Ngoài ra, hẫn có tình trạng hãng hàng không chuyển thông tin hành khách chậm, không kịp thời. Nguyên nhân là do bộ phận tổng hợp của hãng hàng không triển khai chậm. Cục HKVN đã nhắc nhở Lãnh đạo hãng để không tái phạm. Trường hợp còn tái diễn thì Cục HKVN sẽ có biện pháp xử lý.
Trong thời gian tới, các hãng hàng không chỉ tiếp nhận vận chuyển hành khách có nhu cầu đi lại phục vụ quá trình phục hồi kinh tế theo thứ tự ưu tiên: hoạt động công vụ, lực lượng phòng chống dịch COVID-19, các chuyên gia, nhà quản lý, doanh nhân và các đối tượng khác.
Trường hợp hành khách cư trú, lưu trú trước chuyến bay tại địa bàn có dịch ở cấp độ 4 hoặc cách ly y tế vùng (phong tỏa) hoặc hành khách trên chuyến bay xuất phát từ địa bàn có dịch ở cấp độ 4 hoặc cách ly y tế vùng (phong tỏa): có kết quả xét nghiệm âm tính với SARS-CoV-2 theo phương pháp RT-PCR hoặc xét nghiệm nhanh kháng nguyên được thực hiện trong vòng 72 giờ trước thời điểm khởi hành chuyến bay;
Trường hợp hành khách khác cần đáp ứng một trong ba điều kiện: + Người có chứng nhận đã tiêm đủ liều vắc xin phòng COVID-19, trong đó, liều cuối cùng đã được tiêm ít nhất 14 ngày và không quá 12 tháng tính đến thời điểm khởi hành chuyến bay;
Người có giấy chứng nhận khỏi bệnh COVID-19 hoặc có giấy ra viện không quá 6 tháng tính đến thời điểm khởi hành chuyến bay;