Dù phà Rạch Miễu tăng cường khả năng phục vụ hành khách, ễn phí cho người đi bộ và xe gắn máy nhưng lượng phương tiện qua phà thưa thớt. Vào các ngày thường, ô tô ít qua lại phà Rạch Miễu mà vẫn lưu thông qua cầu Rạch Miễu như trước đây.
Theo Ban quản lý Bến phà Rạch Miễu, có chuyến phà không có ô tô nào chỉ có trên dưới 10 xe gắn máy; các ngày thứ 7, chủ nhật hay ngày lễ thì phương tiện có tăng lên. Thời gian qua, hoạt động phà Rạch Miễu thu không đủ chi.
Còn lãnh đạo Công ty cổ phần BOT. cầu Rạch Miễu cho biết, từ icó phà Rạch Miễu, cầu Rạch Miễu vẫn còn tình trạng kẹt xe gây ùn ứ giao thông nhất là vào giờ cao điểm các ngày cuối tuần. Trước tình trạng này, các ngành chức năng tỉnh Bến Tre cần có phương án khai thác, vận hành phá Rạch Miễu cho hợp lý hơn để tránh lãng phí nguồn kinh phí 100 tỷ đồng đã đầu tư xây dựng bến phà này.
Ông Lê Văn Bảy Hoàng, tài xế ô tô tại xã Bình Đức, huyện Châu Thành, tỉnh Tiền Giang bày tỏ: "Bây giờ mình thấy đi cầu thuận tiện hơn nhiều, thứ nhất là an toàn cho ô tô mình, thứ hai là đi đường tắc có thể gần hơn, cái nào cũng phải tốn tiền đi phà chi cho cực, chờ lâu. Đi cầu đi thẳng vô nhanh, còn phà đi bọc, nhiều khi kẹt xe cũng ít đi phà, chịu đợi chút”.