Theo Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam, dự báo từ sau ngày 16/3 đến ngày 6/4, mặn ở ĐBSCL sẽ giảm dần, phạm vi cách biển từ 35-45 km trở vào ở cửa sông Cửu Long có khả năng xuất hiện nước ngọt khi triều thấp, chân triều, thuận lợi cho việc lấy nước.
Vì vậy, các địa phương cần tăng cường quan trắc và tập trung tối đa phương tiện để lấy nước ngọt trong thời gian này. Tuy nhiên, từ giữa tháng 3 đến ngày 6/4, trên sông Hàm Luông, Cửa Đại, Cửa Tiểu mặn vẫn còn khá cao.
Dự báo dòng cháy tháng 4/2020, từ thượng lưu sông Mekong về ĐBSCL có khả năng vẫn ở mức rất thấp.
Do đó, xâm nhập mặn tháng 4 ở ĐBSCL có khả năng rất nghiêm trọng, ảnh hưởng lớn đến sản xuất và sinh hoạt, nhất là ở khu vực cửa sông Cửu Long từ ngày 8/4-15/4.
Cụ thể, chiều sâu mặn xâm nhập lớn nhất với ranh mặn 4g/l, trong thời gian này ở các cửa sông như sau: sông Vàm Cỏ(Vàm Cỏ Đông, Vàm Cỏ Tây) từ 95-105 km; Sông Cửu Long( sông cửa Tiểu, cửa Đại) khoảng 50-55km; trên sông Hàm Luông 70-75km; sông Cổ Chiên khoảng 50-55km; sông Hậu khoảng 45-50km.
Trên sông Cái Lớn, mặn biến động nhanh, dự báo phạm vi ảnh hưởng trong tháng 4 khoảng 60-65km.
Cũng theo Theo Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam, Dự báo tháng 5/2020, khả năng mặn ở ĐBSCL được cải thiện nhiều, nhưng vẫn đề phòng một số trường hợp bất thường do mưa muộn, dòng chảy thượng lưu về ĐBSCL thấp.