Để chủ động ứng phó với cơn bão số 5 và mưa lũ diễn biến phức tạp, khó lường trong những ngày tới, Bộ Giao thông vận tải yêu cầu, Cục Hàng hải Việt Nam chỉ đạo các Cảng vụ Hàng hải hướng dẫn tàu thuyền khi rời cảng biết thông tin và hướng di chuyển của bão để các tàu, thuyền khi hành trình trên biển biết, điều chỉnh hướng đi phù hợp đảm bảo an toàn hàng hải. Hướng dẫn tàu thuyền vào khu neo đậu an toàn và thường xuyên cập nhật, báo cáo số lượng tàu thuyền đang neo đậu tại các Cảng biển, vùng nước quanh các đảo về Văn phòng thường trực Ban chỉ huy PCTT – TKCN Bộ GTVT; Chỉ đạo Trung tâm phối hợp TKCN Hàng hải Việt Nam điều động các tàu SAR đến chốt ở các vị trí dự kiến có khả năng bị ảnh hưởng lớn nhất của bão và chuẩn bị sẵn sàng tham gia cứu nạn, cứu hộ khi có lệnh.
Tổng cục Đường bộ Việt Nam chỉ đạo các đơn vị chủ động thực hiện công tác duy tu, bảo dưỡng thường xuyên đường bộ, các công trình thoát nước luôn thông thoát, hệ thống báo hiệu đầy đủ, rõ ràng. Công tác khắc phục hậu quả mưa, lũ và đảm bảo giao thông thông suốt, phải đảm bảo an toàn cho người, thiết bị thi công, cho các hạng mục công trình; cần đặc biệt chú ý các hạng mục thi công dưới nước, các công trình ở ền núi hay có lũ quét đột xuất; Tập trung vật tư, thiết bị và nhân lực để chủ động khắc phục hậu quả do bão, lũ gây ra trên các tuyến quốc lộ. Kiểm tra mức độ hư hỏng tại các bến phà, cầu phao, các khu vực đường xung yếu, các cầu yếu… để kịp thời sửa chữa, khắc phục đảm bảo giao thông thông suốt trong thời gian nhanh nhất.
"Tổng cục Đường bộ Việt Nam chỉ đạo Cục Quản lý đường bộ II, III và IV chủ trì, phối hợp với các Sở Giao thông vận tải, các lực lượng chức năng của địa phương tổ chức trực, phân luồng giao thông, cử người canh gác, cắm phao tiêu, rào chắn, báo hiệu ở những vị trí bị ngập nước, ngầm tràn, đoạn đường bị đứt, đoạn đường bị sạt lở… kiên quyết không cho phép người và phương tiện đi vào những vị trí này, nhằm đảm bảo tuyệt đối an toàn giao thông cho người, phương tiện trên các tuyến quốc lộ", công điện nêu rõ.
Cục Đường sắt Việt Nam, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chỉ đạo các đơn vị thực hiện nghiêm ngặt chế độ tuần tra, chốt gác các công trình, vị trí xung yếu, khu vực trọng điểm như: Cầu, đường yếu, dễ bị ngập nước; khu vực hay xảy ra lũ quét, các đọan đường đèo dốc, đá rơi, đất sụt, các khu vực đường sắt ở phía hạ lưu đê, đập thuỷ lợi, hồ chứa nước...; Chỉ đạo các đơn vị chủ động tập trung vật tư, thiết bị và nhân lực khắc phục hậu quả mưa, lũ và đảm bảo giao thông thông suốt, phải đảm bảo an toàn cho người, thiết bị thi công, cho các hạng mục công trình; cần đặc biệt chú ý các công trình ở ền núi hay có lũ đột xuất.
Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam đôn đốc các đơn vị Quản lý đường thuỷ nội địa kịp thời sửa chữa, bổ sung phao tiêu, biển báo bị hư hỏng do bão, lũ gây ra; kiểm kê, rà soát phương tiện phục vụ công tác PCTT và TKCN như tàu, thuyền, ca nô, phao, bè, cọc neo, trụ neo và phao neo, đảm bảo sẵn sàng ứng cứu; Chỉ đạo các đơn vị tổ chức điều tiết hướng dẫn đảm bảo giao thông, chống va trôi cho các cầu trong và sau bão, lũ ở những vị trí trọng yếu trên các tuyến đường thuỷ nội địa quốc gia.
Cục Hàng không Việt Nam chỉ đạo các hãng Hàng không, Công ty Bay dịch vụ hàng không theo dõi chặt chẽ diễn biến của bão để điều chỉnh kế hoạch hoặc thay đổi lịch bay cho phù hợp và đảm bảo an toàn tuyệt đối, đối với hoạt động bay. Chủ động phòng, chống, rà soát thống kê các trang thiết bị, chằng néo, neo đậu tàu bay tại cảng hàng không, đảm bảo công tác bay an toàn trong mọi tình huống và có biện pháp bảo vệ các công trình nhà ga, kho hàng…để hạn chế thiệt hại do bão gây ra.
Bộ GTVT cũng yêu cầu các Sở Giao thông vận tải phối hợp chặt chẽ với các ngành, các cấp, Cục Quản lý đường bộ và các đơn vị Quản lý và sữa chữa đường bộ, đường sắt… tiến hành khắc phục sự cố do mưa, lũ gây ra tiến hành phân luồng, đảm bảo giao thông khắc phục hậu quả bước 1 trên các quốc lộ ủy thác và đường địa phương, phối hợp điều hành việc vận tải, tăng bo hành khách và hàng hoá… ngay khi lũ rút.