Với vai trò "người gác cửa" nền tài chính công, hàng năm, Kiểm toán Nhà nước xây dựng kế hoạch kiểm toán bám sát định hướng của Đảng, Nhà nước, ý kiến Đại biểu Quốc hội và những vấn đề tiềm ẩn rủi ro, dễ phát sinh tham nhũng, lãng phí.
Kiểm toán Nhà nước đã cụ thể hóa các quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước vào các văn bản như Hệ thống Chuẩn mực Kiểm toán Nhà nước, Quy trình kiểm toán, Quy trình kiểm toán vụ việc có dấu hiệu tham nhũng.
Đặc biệt, với vai trò là thành viên Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực, Kiểm toán Nhà nước đã tập trung kiểm toán các chủ đề lớn gắn với quản lý ngân sách nhà nước và các lĩnh vực dễ phát sinh tiêu cực. Trong giai đoạn 2021-2025, Kiểm toán Nhà nước đã thực hiện kiểm toán 4 chuyên đề và 2 vụ việc có dấu hiệu tham nhũng theo yêu cầu Ban Chỉ đạo.
Thông qua kiểm toán, giai đoạn 2021-2025, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý 239.795 tỷ đồng. Cơ quan này cũng kiến nghị chấn chỉnh, kiểm điểm trách nhiệm nhiều tập thể, cá nhân liên quan và kiến nghị sửa đổi, bổ sung hoặc hủy bỏ 894 văn bản quy phạm pháp luật. Những kiến nghị này góp phần khắc phục bất cập về cơ chế, siết chặt kỷ cương tài chính và làm lành mạnh nền tài chính quốc gia.
Kiểm toán Nhà nước cũng đề xuất nhiều giải pháp, nhấn mạnh vào việc hoàn thiện pháp luật để khắc phục lỗ hổng pháp lý, nâng cao chất lượng lập dự toán và thiết lập cơ chế rõ ràng về xử lý trách nhiệm người đứng đầu khi để xảy ra tham nhũng, lãng phí.