Vận tải đường thủy có chi phí rẻ nhất, nhưng mới chiếm một tỷ lệ "khiêm tốn” trong cơ cấu vận tải hàng hóa. Một số địa phương gặp khó khăn trong việc phát triển công nghiệp, kinh tế xã hội do thiếu các cảng thủy nội địa, trong khi, đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng vận tải thủy chưa được sự quan tâm đúng mức.